因地处万顷池和诸水源头，故名万源。这里既为历代兵家必争之地，又
是各路商贾云集之域，是川东北边境重要的商品集散地。
市境域夏商为梁州地，周为雍州之域，春秋战国属巴国疆土，秦属巴郡宕渠，东汉属益州巴郡宣汉县，唐贞观元年属通州，天宝元年属通川郡宣汉县，五代时置明通院（治地今东南旧院坝）元直属达州和巴州曾口县，明属重庆夔州达县，后属东乡县（治今宣汉县东乡镇）。
明正德十年（1515年）置太平县，清嘉庆年间升为太平直隶厅，道光初年（1821年）复降为太平县。民国三年（1914年）因与安徽太平县同名，改为万源县。
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